Tertundanya sejumlah penerbangan itu mengakibatkan jadwal penerbangan di Soekarno-Hatta kacau. Di antara belasan penerbangan yang tertunda, delapan penerbangan di antaranya untuk tujuan Medan, Palembang, Pekanbaru, Surabaya, dan Ternate. Lima penerbangan ke Pekanbaru, Medan, dan Palembang yang tertunda sejak Rabu sore sudah diberangkatkan pada Kamis pagi. Sedangkan tiga penerbangan ke Surabaya dan Ternate yang tertunda lebih dari dua jam sudah diberangkatkan pada Kamis siang.
Penyebab kekacauan tersebut menurut direktur Angkutan Udara Kementerian Perhubungan Muhammad Alwi, yakni rusaknya dua pesawat akibat tertabrak burung Pada waktu bersamaan, ada empat pesawat lain terkena inspeksi besar karena sudah masuk masa perawatan. Padahal Lion Air sudah menjadwalkan penerbangan tambahan saat liburan Imlek.
Selain itu, adanya beberapa pesawat Lion Air yang dilarang terbang karena tidak mempunyai izin terbang (flight approval). Lion tak ajukan extra flight sesuai dengan ketentuan, yaitu H-3 penerbangan. Namun, pihak Lion Air mengklaim bahwa penerbangan yang terganggu adalah jadwal reguler.