Pertandingan harus ditentukan dengan adu penalti setelah kedua tim bermain imbang 2-2 di waktu normal. Borneo FC dapat unggul terlebih dulu lewat gol Febri Hamsah pada menit ke-31 yang bisa menaklukkan kiper Arema Kadek Wardana dengan sebuah tendangan mendatar di kotak penalti.
Semenit berselang Arema dapat menyamakan kedudukan. Setelah menerima umpan silang Johan Alfarizie, Ferry Aman Saragih menjebol gawang Borneo FC yang dikawal kiper Galih Sudaryono dengan sepakan kaki kiri.
Pada menit ke-52 Arema dapat berbalik unggul. Bek kanan Borneo FC Zulvin Zamrun melakukan kesalahan dalam mengontrol bola hingga bisa diserobot Dendi Santoso. Dendi lalu menggiring bola masuk ke kotak penalti sebelum menceploskan bola ke gawang lawan.
Tapi keunggulan Arema ini tidak bertahan lama, kiper Kadek Wardhana melakukan blunder yang menyebabkan gawangnya bobol. Tendangan Herman Dzumafo pada menit ke-63 dari luar kotak penalti Arema terlepas dari tangkapan Kadek hingga bola meluncur masuk ke gawang.
Kedudukan 2-2 bertahan sampai waktu normal usai, sehingga laga lanjut ke adu penalti. Penendang pertama Arema yaitu Syamsul Arif gagal melakukan tugasnya dengan baik, tapi lima penendang berikutnya yaitu Esteban Vizcarra, Toni Espinosa Mossi, I Gede Sukadana, Cristian Gonzalez, dan Hasim Kipuw sukses menjebol gawang Galih.
Sedangkan empat penendang pertama Borneo FC yakni Ponaryo Astaman, Goran Gancev, Herman Dzumafo, dan Sandi Darma Sute berhasil mengeksekusi penalti, dan dua penendang terakhir yaitu Diego Michiels dan Steven Bungaran gagal.
Di semifinal Arema akan menghadapi runner-up Grup D yaitu Mitra Kukar. Borneo FC akan melawan juara Grup D Semen Padang. Laga semifinal akan berlangsung home and away pada Januari mendatang.
Sementara itu pada sore harinya di Stadion Maguwoharjo, Persipura Jayapura mengalahkan Surabaya United 2-0 dalam pertandingan tak menentukan karena keduanya telah dipastikan tak lolos ke semifinal Piala Jenderal Sudirman. Dua gol Persipura dicetak Lancine Kone pada menit ke-43 dan 55.