Delapan di antaranya lolos sebagai juara grup, yaitu Arab Saudi (A), Australia (B), Qatar (C), Iran (D), Jepang (E), Thailand (F), Korea Selatan (G), dan Uzbekistan. Sedangkan empat lainnya sebagai runner-up grup terbaik, yaitu Uni Emirat Arab (A), Tiongkok (C), Suriah (E), dan Irak (F).
Selanjutnya 12 tim tersebut akan terbagi menjadi dua grup di babak ketiga. Dua tim yang berada di urutan teratas klasemen akhir masing-masing grup lolos ke Piala Dunia 2018 Rusia. Sedangkan peringkat tiga masing-masing grup akan berhadapan untuk memperebutkan satu tiket menghadapi peringkat empat kualifikasi zona Concacaf.
Penentuan peserta dua grup babak ketiga akan dlakukan melalui pengundian, yang berlangsung 12 April 2016 di Mandarin Oriental Hotel Kuala Lumpur, Malaysia.