Pebalap yang membela tim Manor Racing tersebut mencatatkan waktu terbaik 1 menit 34,190 detik dari empat putaran yang dilaluinya dalam kualifikasi. Rio unggul 0,198 detik dari pebalap Sauber, Felipe Nasr, yang akan start di belakang Rio dalam balapan yang berlangsung Minggu (3/4/2016).
Rio diuntungkan dengan kenyataan pebalap Renault, Kevin Magnussen, akan start dari jalur pitstop sebagai hukuman karena tak berhenti dalam pemeriksaan berat kendaraan yang wajib dijalani pada sesi kedua latihan bebas. Magnussen sebetulnya di urutan 19 kualfikasi, dengan catatan waktu terbaik 1 menit 33,181 detik.
Rekan setim Rio, Pascal Wehrlein, akan start dari posisi 16. Ia mencatatkan waktu terbaik 1 menit 32,806 detik.
Untuk pole position dalam balapan nanti, akan ditempati pebalap Mercedes juara dunia, Lewis Hamilton. Pebalap Inggris tersebut dalam Q3 mencatatkan waktu tercepat 1 menit 29,493 detik, catatan waktu tercepat di Sirkuit Internasional Bahrain. Ia unggul 0,077 detik dari rekan setimnya, Nico Rosberg.
Duo Ferrari, Sebastian Vettel dan Kimi Raikkonen, menempati grid dua. Vettel start dari P3 dengan catatan waktu 1 menit 30,012 detik, Raikkonen dari P4 dengan catatan waktu 1 menit 30,244 detik
Hasil kualifikasi F1 GP Bahrain 2016:
1. Lewis Hamilton GBR Mercedes-Mercedes 1m 29.493s
2. Nico Rosberg GER Mercedes-Mercedes 1m 29.570s
3. Sebastian Vettel GER Ferrari-Ferrari 1m 30.012s
4. Kimi Raikkonen FIN Ferrari-Ferrari 1m 30.244s
5. Daniel Ricciardo AUS Red Bull-TAG Heuer 1m 30.854s
6. Valtteri Bottas FIN Williams-Mercedes 1m 31.153s
7. Felipe Massa BRZ Williams-Mercedes 1m 31.155s
8. Nico Hulkenberg GER Force India-Mercedes 1m 31.620s
9. Romain Grosjean FRA Haas-Ferrari 1m 31.756s
10. Max Verstappen NED Toro Rosso-Ferrari 1m 31.772s
11. Carlos Sainz Jr ESP Toro Rosso-Ferrari 1m 31.816s
12. Stoffel Vandoorne BEL McLaren-Honda 1m 31,934s
13. Esteban Gutierrez MEX Haas-Ferrari 1m 31.945s
14. Jenson Button GBR McLaren-Honda 1m 31.998s
15. Daniil Kvyat RUS Red Bull-TAG Heuer 1m 32.241s
16. Pascal Wehrlein GER MRT-Mercedes 1m 32.806s
17. Marcus Ericsson SWE Sauber-Ferrari 1m 32.840s
18. Sergio Perez MEX Force India-Mercedes 1m 32.911s
19. Kevin Magnussen DEN Renault-Renault 1m 33.181s*
20. Jolyon Palmer GBR Renault-Renault 1m 33.438s
21. Rio Haryanto INA MRT-Mercedes 1m 34.190s
22. Felipe Nasr BRZ Sauber-Ferrari 1m 34.388s