Edy terpilih setelah meraih kemenangan mutlak dalam pemilihan yang dilaksanakan dalam Kongres PSSI 2016, yang berlangsung di Hotel Mercure, Ancol, Jakarta, Kamis (10/11/2016). Edy meraih kemenangan telak atas para calon lainnya yang juga mendaftarkan diri untuk mengikuti pemilihan.
Edy meraih 76 suara, unggul jauh dari Jenderal TNI (Purn) Dr Moeldoko yang berada di posisi kedua dengan 23 suara, maupun Walikota Batu Eddy Rumpoko dengan satu suara. Tujuh suara lainnya tidak sah. Terpilihnya Edy sebagai Ketum PSSI periode 2016-2020 lalu ditetapkan oleh Ketua Komite Pemilihan Agum Gumelar.
Pemilihan Ketum PSSI sebenarnya diikuti sembilan calon, namun pada pelaksanaannya hanya enam calon yang mengikuti pemilihan yaitu Edy Rahmayadi, Moeldoko, Edyy Rumpoko, Sarman, Bernhard Limbong, dan Kurniawan Dwi Yulianto. Erwin Aksa dan Tony Aprilani mengundurkan diri, sedangkan Djohar dicoret dari pemilihan karena dihukum PSSI setelah datang sebagai perwakilan PSSI saat diundang pemerintah saat terjadi pembekuan FIFA.