Rosberg, yang unggul 23 poin di klasemen pebalap atas Hamilton, akan menempati pole position dalam balapan yang berlangsung Minggu (9/10/2016) setelah berhasil mencatatkan waktu terbaik 1 menit 30,647 detik. Sedangkan Hamilton start di posisi kedua dalam balapan ke-17 musim F1 tahun ini, dari total 21 balapan, berkat mencatatkan waktu 1 menit 30,660 detik.
Posisi ketiga dalam balapan nanti ditempati pebalap Ferrari Kimi Raikkonen. Rekan setim Raikkonen, Sebastian Vettel, sebetulnya berhasil mencatatkan waktu terbaik ke-empat dalam kualifikasi. Namun ia terkena penalti tiga grid karena menyebabkan kecelakaan pada balapan F1 GP Malaysia.
Hasil kualifikasi F1 GP Jepang
1. Nico Rosberg GER Mercedes-Mercedes 1m 30.647s
2. Lewis Hamilton GBR Mercedes-Mercedes 1m 30.660s
3. Kimi Raikkonen FIN Ferrari-Ferrari 1m 30.949s
4. Sebastian Vettel GER Ferrari-Ferrari 1m 31.028s *
5. Max Verstappen NED Red Bull-TAG 1m 31.178s
6. Daniel Ricciardo AUS Red Bull-TAG 1m 31.240s
7. Sergio Perez MEX Force India-Mercedes 1m 31.961s
8. Romain Grosjean FRA Haas-Ferrari 1m 31.961s
9. Nico Hulkenberg GER Force India-Mercedes 1m 32.142s
10. Esteban Gutierrez MEX Haas-Ferrari 1m 33.547s
11. Valtteri Bottas FIN Williams-Mercedes 1m 32.315s
12. Felipe Massa BRZ Williams-Mercedes 1m 32.380s
13. Daniil Kvyat RUS Toro Rosso-Ferrari 1m 32.623s
14. Carlos Sainz Jr ESP Toro Rosso-Ferrari 1m 32.685s
15. Fernando Alonso ESP McLaren-Honda 1m 32.689s
16. Jolyon Palmer GBR Renault-Renault 1m 32.807s
17. Jenson Button GBR McLaren-Honda 1m 32.851s
18. Kevin Magnussen DEN Renault-Renault 1m 33.023s
19. Marcus Ericsson SWE Sauber-Ferrari 1m 33.222s
20. Felipe Nasr BRA Sauber-Ferrari 1m 33.332s
21. Esteban Ocon FRA Manor-Mercedes 1m 33.353s
22. Pascal Wehrlein GER Manor-Mercedes 1m 33.561s **
* Penalti 3 grid karena menyebabkan tabrakan di F1 GP Malaysia yang lalu
** Penalti 5 grid karena penggantian gearbox